1. Οι τρεις πρώτοι χριστιανικοί αιώνες
Ο χριστιανισμός στη Βοιωτία διαδόθηκε αρχικά από τον Απόστολο Παύλο. Μετά την πρώτη παραμονή του στην Κόρινθο (50-51) ο Παύλος, μαζί με τον Ευαγγελιστή Λουκά, επισκέφθηκαν τη Θήβα, όπου διέμεναν και ιουδαϊκές κοινότητες. Ο Παύλος εγκαθίδρυσε ως πρώτο επίσκοπο Θηβών το Ρούφο, ο οποίος μαρτύρησε μεταξύ 54 και 68, την εποχή του αυτοκράτορα Νέρωνα. Η αρχαιολογική έρευνα έχει φέρει στο φως κατακόμβες και πρωτοχριστιανικές ταφές στη Θήβα, οι οποίες παρέχουν μαρτυρίες για τις συνθήκες ζωής και το μαρτυρικό τέλος των πρώτων χριστιανών. Αρχαιολογικά ευρήματα δείχνουν ότι και στη Λιβαδειά, γενέτειρα του αγίου Ρηγίνου (περ. 285-363), επισκόπου Σκοπέλου, υπήρχε χριστιανική κοινότητα κατά τους Παλαιοχριστιανικούς χρόνους.
2. 4ος-7ος αιώνας
Η επικράτηση του χριστιανισμού στη Βοιωτία μαρτυρείται τόσο από την παρουσία επισκόπων, ιδιαίτερα στην πόλη της Θήβας, όσο και από επιγραφικές μαρτυρίες. Για τον 4ο αιώνα γνωρίζουμε τα ονόματα των επισκόπων της Θήβας Ιουλίου και των Πλαταιών Αθηνοδώρου, οι οποίοι μετείχαν στη σύνοδο της Σερδικής το 343, ενώ για τον 5ο αιώνα αναφέρονται τα ονόματα και άλλων επισκόπων. Στη Γ΄ Οικουμενική σύνοδο της Εφέσου το 431 μετείχε ο επίσκοπος Θήβας Ανύσιος και της Κορώνειας Αγαθοκλής. Κατά τη λεγόμενη Ληστρική σύνοδο της Εφέσου το 449 και τη Δ΄ Οικουμενική σύνοδο της Χαλκηδόνας το 451, μετείχε ως επίσκοπος Πλαταιών ο Δομνίνος. Στην επιστολή που έστειλαν οι μετέχοντες στη σύνοδο της Κορίνθου προς τον αυτοκράτορα Λέοντα Α΄ το 458, αναφέρονται ως επίσκοπος της Θήβας ο Αρχέτιμος, της Τανάγρας ο Ησύχιος, των Θεσπιών ο Ρουφίνος, της Κορώνειας ο Αφόβιος και των Πλαταιών ο Πλούταρχος. Σε σύνοδο επισκόπων το 459 στην Κωνσταντινούπολη παραβρέθηκαν ο Πλούταρχος των Πλαταιών και ο Αφόβιος της Κορώνειας. Η επισκοπή των Θεσπιών καταγράφεται και σε επιστολή του πάπα Λέοντος Α΄ το 446 προς τους μητροπολίτες της επαρχίας Αχαΐας.
Ταυτόχρονα με τη διαμόρφωση της εκκλησιαστικής οργάνωσης στη Βοιωτία, παρατηρείται κατά την Πρώιμη Βυζαντινή περίοδο η δημιουργία πολλών παλαιοχριστιανικών βασιλικών σε ολόκληρο το νομό, δείγμα της εδραίωσης του χριστιανισμού στην περιοχή. Ένα πρώιμο δείγμα αποτελεί ο ναός της Αγίας Τριάδας στην Τανάγρα, σύμφωνα με επιγραφική μαρτυρία.
3. 8ος-10ος αιώνας
Το έτος 732 το θέμα Ελλάδος ήταν μία από τις περιοχές του Ανατολικού Ιλλυρικού που αποσπάστηκαν από την Παπική Εκκλησία και τέθηκαν υπό τη δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως. Αυτή η διοικητική αναδιοργάνωση της Εκκλησίας επέφερε την αναβίωση αρκετών εκκλησιαστικών κέντρων στον ελληνικό χώρο, όπως η Θήβα και η Πάτρα, καθώς και δεκάδων μικρότερων πόλεων που για μεγάλο διάστημα βρίσκονταν στο περιθώριο των ιστορικών εξελίξεων. Μεγάλη ώθηση ωστόσο στη βοιωτική Εκκλησία, όπως και ευρύτερα στην ανάπτυξη της περιοχής, έδωσε η ανάδειξη της Θήβας σε πρωτεύουσα του θέματος Ελλάδος γύρω στο έτος 806. Χαρακτηριστικά δείγματα της νέας εποχής είναι ο ναός του Αγίου Γρηγορίου στη Θήβα (872) και ο ναός της Παναγίας της Σκριπούς στον Ορχομενό (874), στις επιγραφές του οποίου διασώζεται το όνομα του πρωτοσπαθάριου Λέοντος.
Για την τάξη προκαθεδρίας στην Ανατολική Εκκλησία, στην οποία συμπεριλαμβάνονται και οι επίσκοποι της Βοιωτίας, αντλούμε πληροφορίες από τα εκκλησιαστικά τακτικά (notitiae episcopatuum), στα οποία όμως οι ακριβείς χρονολογίες είναι αρκετά δύσκολο να προσδιοριστούν. Σύμφωνα με τη Notitia 2 (περ. 733) ο Θηβών εμφανίζεται στην 38η θέση των αυτοκέφαλων αρχιεπισκόπων, ενώ στην εικονοκλαστική Notitia 3 (περ. 754) είναι υποκείμενος στη μητρόπολη Αθηνών στη 18η θέση της ιεραρχίας. Στην 22η θέση τοποθετείται ο επίσκοπος Κηρονίας (Χαιρώνεια), στην 23η ο Κοπονίας (Κορώνεια), στην 27η ο Λιβαδίας, στην 28η ο Πλατίας (Πλαταιές), στην 30ή ο Δαύμας (Δαύλεια), στην 34η ο Αμβροσίας (Δίστομο), στην 35η ο Αμπισύρας (Αντίκυρα), στην 36η ο Στίπης (Στείρι) και στην 37η ο Θησάβας (Θεσπιές).
Στις αρχές του 10ου αιώνα (μεταξύ 901 και 907) χρονολογείται η Τάξις του πατριάρχη Νικολάου Μυστικού. Η Θήβα υπαγόταν στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως και κατείχε την 35η θέση ανάμεσα σε 51 αρχιεπισκοπές. Η Τάξις του Λέοντος ΣΤ΄ του Σοφού, η οποία ήταν κοντινή χρονικά, αναφέρει τη Θήβα ως την 57η μητρόπολη· τον τίτλο αυτό τον διατήρησε από τις αρχές του 10ου αιώνα μέχρι τη λατινική κατάκτηση του 1204, αλλά ήταν πάντοτε υποκείμενη στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Στη Notitia 8 (920-980), η μητρόπολη Θηβών κατείχε την 58η θέση. Στις Notitiae 7, 9, 10 και 13 οι επισκοπές Διαυλείας και Κορωνείας εμφανίζονται υπό τη δικαιοδοσία της μητρόπολης Αθηνών. Αναφορικά με τα σωζόμενα ονόματα επισκόπων, στην Η΄ Οικουμενική σύνοδο το 869/870 πήρε μέρος ο αρχιεπίσκοπος Θηβών Μαρκιανός. Στις αρχές του 10ου αιώνα, επίσης, αναφέρεται αφενός η άφιξη στη Θήβα του Αρέθα Καισαρείας το 906 για τη ρύθμιση εκκλησιαστικών ζητημάτων και αφετέρου μία επιστολή του πατριάρχη Νικολάου Α΄ του Μυστικού προς το στρατηγό του θέματος Ελλάδος, πιθανόν το 912. Από το περιεχόμενό της φαίνεται ότι ο λαός της πόλης ήταν χωρισμένος σε δύο αλληλομαχόμενες παρατάξεις που υποστήριζαν για τον πατριαρχικό θρόνο της Κωνσταντινούπολης είτε τον Ευθύμιο είτε το Νικόλαο Μυστικό.
4. 11ος-12ος αιώνας
Η παλαιότερη σωζόμενη αναφορά για το «μητροπολίτη Θηβών» απαντά στο Καταστατικό της Παναγίας της Ναυπακτιώτισσας το 1048, το οποίο σχετίζεται με την ίδρυση της ομώνυμης αδελφότητας στη Θήβα. Επί Αλεξίου Α΄ Κομνηνού (πιθανόν μεταξύ 1082-1084), η Θήβα κατείχε την 57η θέση στην ιεραρχία επί συνόλου 80 μητροπόλεων. Γύρω στο 1143, το λεγόμενο Τακτικό του Νείλου Δοξαπατρίου κατέτασσε τη μητρόπολη Θηβών 53η μεταξύ 65 μητροπόλεων, έχοντας υπό τον έλεγχό της τρεις επισκοπές. Στη Notitia 13 της εποχής του Μανουήλ Α΄ Κομνηνού (1143-1180) η μητρόπολη κατείχε την 59η θέση και έλεγχε πέντε επισκοπές (επισκοπές Κανάλων, Ζαρατόβων, Καϊστορίου, Τριχίων, Πλατάνων). Στη Notitia 15, που χρονολογείται στα μέσα του 12ου αιώνα, η μητρόπολη Θηβών βρισκόταν στην 57η θέση, όπως και στη σχεδόν σύγχρονή της Notitia 16.
Αυτή την εποχή, κορυφαία μορφή της θηβαϊκής αλλά και της βοιωτικής Εκκλησίας ήταν ο μητροπολίτης Ιωάννης Καλοκτένης (περ. 1166-1190). Ο μητροπολίτης Θηβών Ιωάννης (ο Κοσσίφης) φαίνεται ότι υπέγραψε συνοδική πράξη το Μάρτιο του 1072. Διάδοχός του ήταν ο Πέτρος, η αρχιερατεία του οποίου στη Θήβα μαρτυρείται για το έτος 1079. Στο Κτηματολόγιο των Θηβών, επίσης, που χρονολογείται μεταξύ 1070-1100, αναφέρεται ο επίσκοπος Κωνσταντίνος, στον οποίο πιθανόν ανήκαν και δύο σφραγίδες όπου αναγράφεται ως μητροπολίτης Θηβών (γύρω στο 1080). Στα τέλη του 11ου αιώνα χρονολογείται και σφραγίδα του ποιμενάρχη Νικήτα που προέρχεται από τη Θήβα. Ακόμη, σε σφραγίδες πιθανόν του 11ου αιώνα απαντούν τα ονόματα των επισκόπων Διαυλείας Βασιλείου και Θεοδώρου. Τέλος, οι επιστολές του Μιχαήλ Χωνιάτη αναφέρονται στους μητροπολίτες Θηβών Ιωάννη Καλοκτένη και Μανουήλ (πιθανόν μεταξύ 1190 και 1204).
5. Λατινοκρατία
Κατά τη Λατινοκρατία ενθρονίστηκαν Λατίνοι αρχιεπίσκοποι τόσο στην Αθήνα όσο και στη Θήβα, ενώ οι ορθόδοξοι μητροπολίτες εξορίστηκαν. Το ίδιο συνέβη και με άλλους ορθόδοξους επισκόπους, κληρικούς, μοναχούς αλλά και πιστούς. Ο δούκας Όθων ντε λα Ρος ζήτησε από τον παπική Εκκλησία να ορίσει καθολικό ιερέα σε κάθε κάστρο και πόλη της δικαιοδοσίας του και πρόσφερε τη Λιβαδειά ως κτήση στην Αγία Έδρα. Η μονή του Οσίου Λουκά τέθηκε υπό τη δικαιοδοσία του Παναγίου Τάφου, ενώ τάγματα μοναχών, όπως οι Ιωαννίτες και οι Ναΐτες, οικειοποιήθηκαν εκτάσεις και μονές στην περιοχή της Θήβας. Κατά τη Λατινοκρατία η Ορθόδοξη Εκκλησία βρισκόταν υπό διωγμό και πολλά σπήλαια στη Βοιωτία μεταβλήθηκαν σε ορθόδοξους ναούς.
Παρά τη λατινική κατάκτηση, η Θήβα εξακολούθησε να εμφανίζεται στα τακτικά της εποχής των Παλαιολόγων. Επί Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγου (1261-1282), η μητρόπολη Θηβών κατείχε την 57η θέση, δίχως όμως επισκοπές, ενώ στην Έκθεσιν του Ανδρονίκου Β΄ Παλαιολόγου (1282-1328) βρισκόταν στην 69η θέση. Τέλος, η λεγόμενη Έκθεσις του Ανδρονίκου Γ΄ Παλαιολόγου (1328-1341) αναφέρει ότι η Θήβα ήταν 56η μεταξύ 110 μητροπόλεων, ενώ ο Θηβών έφερε τον τίτλο του υπερτίμου. Ο γνωστότερος Λατίνος αρχιεπίσκοπος μετά το 1204 και έως την οθωμανική κατάκτηση είναι ο Σίμων Ατουμάνος (περ. 1366-1380). Τέλος, στη Notitia 21, η οποία χρονολογείται στην πρώιμη οθωμανική περίοδο, η μητρόπολη της Θήβας υπαγόταν στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως, κατέχοντας την 37η θέση σε σύνολο 72 μητροπόλεων.
6. Μοναχισμός
Κορυφαία μορφή του μοναχισμού στη Βοιωτία θεωρείται ο όσιος Λουκάς, ο οποίος έζησε το 10ο αιώνα. Η ίδρυση της μονής του Οσίου Λουκά κοντά στο Στείρι της Βοιωτίας χρονολογείται μεταξύ 946 και 953, όταν ο Λουκάς είχε αποσυρθεί σε αυτή την περιοχή, όπου και πέθανε. Γύρω στο 970 χρονολογείται η έλευση και πιθανόν μικρή παραμονή στη Θήβα του Νίκωνος του Μετανοείτε. Καθώς είναι γνωστή από το Βίο του η σχέση του με τη διάδοση της λατρείας της αγίας Φωτεινής, έχει υποστηριχθεί ότι το ομώνυμο μοναστήρι έξω από τη Θήβα ιδρύθηκε κατά το διάστημα της σύντομης παραμονής του στην πόλη. Στο Πυρί Θηβών ιδρύθηκε τον 11ο αιώνα η γυναικεία μονή της Παναγίας της Ναυπακτιώτισσας. Το 10 αιώνα χρονολογείται το μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου, πιθανόν στη θέση Καναβάρι δυτικά της Θήβας, όπου διέμενε ο όσιος Λουκάς όταν επισκεπτόταν την πόλη. Με την πάροδο του χρόνου δημιουργήθηκε πλήθος μοναστηριών στη Βοιωτία, μεταξύ άλλων η μονή της Ιερουσαλήμ στον Παρνασσό, οι μονές της Μακαριώτισσας και της Ευαγγελιστρίας στον Ελικώνα, του Σαγματά στο Υπάτιο όρος, της Ζωοδόχου Πηγής στα Δερβενοχώρια κ.ά.