1. Η Βοιωτία στην προεπαναστατική συγκυρία
Η επανάσταση στις διάφορες επαρχίες του κεντρικού και νότιου ελλαδικού χώρου εξερράγη σε διαφορετικούς χρόνους, από τον Φλεβάρη του 1821 μέχρι και τον Μάρτιο του 1822, ανάλογα με τις τοπικές ιδιαιτερότητες και τις διαφορετικές οικονομικές και κοινωνικές συνθήκες, ή το βαθμό διείσδυσης και τις οργανωτικές δυνατότητες της Φιλικής Εταιρείας.
Η Βοιωτία ήταν χωρισμένη σε δύο καζάδες της Λιβαδειάς και της Θήβας, ενώ τα Δερβενοχώρια, μια συστάδα 8-9 χωριών στα σύνορα με την Αττική, στο οροπέδιο της Πάστρας, είχαν ειδικό ευνοϊκό καθεστώς διότι είχαν συλλογικά αναλάβει τη φύλαξη του δρόμου από την Αττική προς τη Θήβα. Η Βοιωτία ήταν σχετικά εύφορη περιοχή με πολλά νερά και πεδινά εδάφη τόσο στη Λιβαδειά όσο και στη Θήβα. Παρήγαγε για την αγορά διάφορα αγροτικά προϊόντα: σιτηρά, ρύζι, μαλλί, τυρί, γλυκάνισο, ριζάρι (αλιζάρι), κιννάβαρι κλπ. Ο προσανατολισμός προς την αγορά και η αυξανόμενη εμπορευματοποίηση της αγροτικής παραγωγής σε όλο τον 18ο και στις αρχές του 19ου αιώνα ευνοήθηκαν από τη διόγκωση των εμπορικών σχέσεων της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας με την Ευρώπη και τη σχεδόν συνεχή άνοδο των τιμών. Ευνοημένοι από αυτές τις εξελίξεις στάθηκαν κυρίως οι χριστιανοί και μουσουλμάνοι προεστοί και αξιωματούχοι που αναλάμβαναν τη διαχείριση των φόρων και των αγροτικών προσόδων και εμπορεύονταν το αγροτικό υπερπροϊόν, ενώ βαθμιαία απέκτησαν τον έλεγχο εκτεταμένων παραγωγικών γαιών. Στο διευθυντικό αυτό στρώμα της Θήβας κυριαρχούσαν σχεδόν αποκλειστικά οι μουσουλμάνοι. Αντίθετα, το βακουφικό καθεστώς της Λιβαδειάς επέτρεψε τη συγκρότηση ενός ισχυρού στρώματος χριστιανών προεστών που, σε κάποιο βαθμό, υποκατέστησε τη μουσουλμανική εξουσία.
Ωστόσο από τα μέσα της δεύτερης δεκαετίας του 19ου αιώνα οι οικονομικοκοινωνικές εξελίξεις στην περιοχή παίρνουν άλλη κατεύθυνση. Από το 1815, με το τέλος των ναπολεόντειων πολέμων και την ομαλοποίηση του ευρωπαϊκού εμπορίου, οι τιμές των αγροτικών προϊόντων, ιδίως των σιτηρών, άρχισαν να παρουσιάζουν σχετική πτώση, ενώ η πρόοδος της εκβιομηχάνισης στην Ευρώπη και η παρακμή των ορεινών βιοτεχνικών κέντρων του ελλαδικού χώρου πρέπει να μείωσαν την εισοδηματική αξία προϊόντων που χρησιμοποιούνταν ως πρώτες ύλες στη βιοτεχνία, όπως το ριζάρι και το κιννάβαρι.
Ο Αλή πασάς πάντα εποφθαλμιούσε τον έλεγχο του πλούσιου καζά της Λιβαδειάς. Έτσι, το 1816, με την ιδιότητα του ως ναζίρη δερβενίων, επικεφαλής δηλαδή των αρματολών της Ρούμελης, διόρισε αρματολό της Λιβαδειάς τον Οδυσσέα Ανδρούτσο, πιθανόν με αρμοδιότητες εποπτείας και στα γειτονικά αρματολίκια, και με στόχο να επιβάλει την εξουσία του στην ευρύτερη περιοχή. Πράγματι ο Ανδρούτσος κατάφερε να υποτάξει τους ληστές και να περιορίσει τη δύναμη των προεστών. Η εξουσιαστική παρουσία του Ανδρούτσου προκάλεσε δυσαρέσκειες αλλά και αναπροσανατολισμούς στις πολιτικές στρατηγικές των παραδοσιακών αυθεντιών της περιοχής. Πολλοί πήγαν με τα νερά του Αλή πασά για να διατηρήσουν την ισχύ τους. Ωστόσο, το 1820 η Πύλη κήρυξε τον Αλή αποστάτη και έστειλε εναντίον του ισχυρά στρατεύματα από πολλαπλές κατευθύνσεις. Ο Ανδρούτσος, έχοντας ταυτίσει συμφέροντα του με τον Αλή, επιδίωξε να αντιτάξει άμυνα στα σουλτανικά στρατεύματα που περνούσαν από τη Λιβαδειά πηγαίνοντας για τα Γιάννενα το καλοκαίρι του 1820, αλλά οι υπόλοιποι αρματολοί και οι προεστοί της περιοχής προτίμησαν να προσκυνήσουν μπροστά στον κίνδυνο της λεηλασίας και της καταστροφής, αλλά επίσης και για να απαλλαγούν από τον δεσποτικό Ανδρούτσο, ο οποίος αναγκάστηκε να αποχωρήσει από τη Λιβαδειά. Οι νέοι πασάδες προχώρησαν σε αντικαταστάσεις των τοπικών αρχών (αρματολών, βοεβόδα κλπ.), ενώ επέβαλαν έκτακτη φορολογία για τη συντήρηση της εκστρατείας που διόγκωσε απότομα τις ήδη μεγάλες επιβαρύνσεις του πληθυσμού. Τούτα προκάλεσαν νέες δυσαρέσκειες και δημιούργησαν εκρηκτικό κλίμα. Η πτώση του πανίσχυρου Αλή πασά, οι αλλαγές στις διοικητικές θέσεις των επαρχιών και οι λεηλασίες των διερχομένων στρατευμάτων υποδείκνυαν ότι η κοινωνική θέση ακόμα και των ισχυρών χριστιανών ήταν εξαιρετικά ασταθής στο αυθαίρετο οθωμανικό σύστημα. Ενώ η ισορροπία του συστήματος διασαλευόταν, οι επαναστατικές προτάσεις έβρισκαν πρόσφορο να διεισδύσουν σε μια πόλη όπου ήδη είχαν φτάσει οι απόηχοι των ιδεών του Νεοελληνικού Διαφωτισμού, για παράδειγμα σε δέκτες όπως ο ισχυρός προεστός Ιωάννης Λογοθέτης. Ήδη από το 1819 είχαν μυηθεί στη Φιλική Εταιρεία οι σημαντικότεροι προεστοί: Ιωάννης Λογοθέτης, Λάμπρος Νάκος, Ιωάννης Φίλων, ενώ μέσα στο 1820 μυήθηκαν και αρκετοί καπεταναίοι. Η Λιβαδειά ήταν άλλωστε από τις ελάχιστες περιοχές της Στερεάς Ελλάδας στην οποία η διείσδυση της Φιλικής Εταιρείας είχε αξιοσημείωτη επιτυχία, σε αντίθεση με την Πελοπόννησο όπου η μύηση μελών είχε πολύ μαζικότερο χαρακτήρα.
2. Η έκρηξη της επανάστασης στη Βοιωτία
Τα νέα της έκρηξης της επανάστασης στην Πελοπόννησο και οι μουσουλμάνοι πρόσφυγες από το Αίγιο που κατέφυγαν στην Άμφισσα επέτειναν την ένταση και προκάλεσαν βίαια επεισόδια εις βάρος των χριστιανών. Έτσι, στις 26 Μαρτίου επαναστάτησε η Άμφισσα και μέχρι τις 28 του μήνα η επανάσταση εξαπλώθηκε σε όλη τη Φωκίδα. Η φωτιά είχε φτάσει πλέον στην πόρτα της Λιβαδειάς. Ήδη οι οθωμανικές αρχές της πόλης είχαν συλλάβει ομήρους τους προεστούς Νικόλαο Νάκο και Ιωάννη Λογοθέτη. Οποιαδήποτε καθυστέρηση εγκυμονούσε πολύ περισσότερους κινδύνους από ό,τι η παραμονή στην οθωμανική νομιμότητα. Στις 29 Μαρτίου ο Αθανάσιος Διάκος, που είχε διαδεχθεί τον Ανδρούτσο στο αρματολίκι της επαρχίας, επιτέθηκε στη Λιβαδειά. Οι Οθωμανοί αναγκάστηκαν να παραδοθούν στις 31 Μαρτίου.
Στη Θήβα η Φιλική Εταιρεία δε φαίνεται να είχε ισχυρή διείσδυση. Έτσι την επανάσταση στη Θήβα θα την πυροδοτήσουν οπλαρχηγοί από τις γειτονικές περιοχές. Μετά την κατάληψη της Λιβαδειάς ο απεσταλμένος από τον Διάκο οπλαρχηγός Γιάννης Λάππας μαζί με τον Θανάση Σκουρτανιώτη από τα Δερβενοχώρια, ενισχυμένοι με Θεσπιείς και Πλαταιείς, πολιόρκησαν τους Οθωμανούς της Θήβας. Όταν οι πολιορκητές ενισχύθηκαν με τον Βασίλη Μπούσγο που ήλθε από τη Λιβαδειά με ισχυρό σώμα, οι Οθωμανοί αναγκάστηκαν να συνθηκολογήσουν στις αρχές Απριλίου και να αποχωρήσουν στη Χαλκίδα. Έτσι στις αρχές Απριλίου όλη η Βοιωτία είχε περάσει στα χέρια των επαναστατών. Μέχρι το τέλος Απριλίου η επανάσταση κυριάρχησε στη Λοκρίδα, την Αττική και τον Μάιο και στην Εύβοια, αφήνοντας στα χέρια των Οθωμανών μόνον τα κάστρα της Ακρόπολης, της Χαλκίδας και της Καρύστου. Προς βορρά η επανάσταση στην ανατολική Στερεά Ελλάδα δεν μπόρεσε ποτέ να ξεπεράσει το ισχυρό οθωμανικό κέντρο της Λαμίας.
Η απουσία της οθωμανικής διοίκησης και οι ανάγκες του αγώνα επέβαλαν τη σύσταση μιας νέας επαναστατικής διοίκησης. Πράγματι αμέσως μετά την κατάληψη της Λιβαδειάς συγκροτήθηκε τριμελής διοικητική επιτροπή αποτελούμενη από τους Νικόλαο Νάκο, Ιωάννη Λογοθέτη και Ιωάννη Φίλωνα, οι οποίοι τιτλοφορήθηκαν κόνσολοι υπογραμμίζοντας έτσι συμβολικά την τομή και το νεωτερικό χαρακτήρα της νέας πολιτικής κατάστασης. Διορίστηκε ακόμη αρχηγός των όπλων ο Αθανάσιος Διάκος.
Ο πρώτος σοβαρός κίνδυνος για τον αγώνα στην ανατολική Στερεά εμφανίστηκε στα μέσα Απριλίου. Ισχυρά οθωμανικά στρατεύματα με επικεφαλής τους πασάδες Ομέρ Βρυώνη και Κιοσέ Μεχμέτ εστάλησαν για να καταστείλουν την επανάσταση. Η είδηση της εκστρατείας έδωσε την αφορμή να διαπραχθούν, κατά παράβαση των όρων της συνθηκολόγησης, σφαγές των μουσουλμάνων που είχαν απομείνει στη Λιβαδειά και τις γειτονικές επαναστατημένες περιοχές με κύριο στόχο την αποφυγή πισώπλατων χτυπημάτων αλλά, δευτερευόντως, και την οικειοποίηση των περιουσιών τους. Οι Έλληνες αντιμετώπισαν τους δύο πασάδες στο στενό της Αλαμάνας όπου ηττήθηκαν, ενώ ο Διάκος συνελήφθη και θανατώθηκε με ανασκολοπισμό. Οι εξελίξεις αυτές έδωσαν την ευκαιρία στον Οδυσσέα Ανδρούτσο να επιστρέψει στην περιοχή. Κατάφερε να αντιμετωπίσει τον Ομέρ Βρυώνη στο χάνι της Γραβιάς προκαλώντας του μεγάλες απώλειες και καθυστερήσει έτσι την προέλαση του προς νότο. Ο θάνατος του Διάκου και το εντυπωσιακό κατόρθωμα στη Γραβιά ανέδειξαν πάλι τον Ανδρούτσο στον ισχυρό στρατιωτικό ηγέτη όχι μόνο της Βοιωτίας αλλά της ευρύτερης ανατολικής Στερεάς. Ο Ομέρ Βρυώνης ανακατέλαβε τη Λιβαδειά (10 Ιουνίου) και τη Θήβα και προχώρησε στην Εύβοια και την Αττική για να διαλύσει τους εκεί επαναστάτες. Στο μεταξύ ο Ανδρούτσος κατάφερε να επανακαταλάβει τη Λιβαδειά που είχε απομείνει με μικρή οθωμανική φρουρά. Τον Αύγουστο στα Βασιλικά άλλοι έλληνες οπλαρχηγοί κατόρθωσαν να νικήσουν ένα νέο εκστρατευτικό σώμα που ερχόταν να ενισχύσει τους Ομέρ Βρυώνη και Κιοσέ Μεχμέτ. Οι δύο πασάδες δεν είχαν καταφέρει να καταστείλουν την επανάσταση, ενώ ο χειμώνας πλησίαζε, οι προμήθειες τελείωναν και οι πολεμιστές άρχισαν να διαμαρτύρονται. Έτσι τον Οκτώβριο του 1821 αποχώρησαν από την Στερεά και επέστρεψαν στα Γιάννενα. Με την εξαίρεση των προαναφερόμενων κάστρων, η ανατολική Στερεά βρισκόταν στα χέρια των Ελλήνων· η επανάσταση είχε εδραιωθεί.
3. Ο πόλεμος
Η εκστρατεία των Ομέρ Βρυώνη – Κιοσέ Μεχμέτ μπορεί να θεωρηθεί ως τυπικό παράδειγμα του τρόπου διεξαγωγής των επιχειρήσεων μέχρι και το 1826. Κάθε άνοιξη διαφορετικοί πασάδες εντέλλονταν να εκστρατεύσουν δια μέσου της ανατολικής ή δυτικής Στερεάς Ελλάδας στην Πελοπόννησο καταπνίγοντας την επανάσταση στο πέρασμα τους. Με την εξαίρεση του Μαχμούτ πασά Δράμαλη καμιά άλλη εκστρατεία δεν κατάφερε να φτάσει στην Πελοπόννησο. Οι εκστρατείες οργανώνονταν την άνοιξη και ξεκινούσαν στα τέλη της άνοιξης ή αρχές του καλοκαιριού. Καθώς δεν υπήρχε μόνιμος οθωμανικός στρατός, σε κάθε εκστρατεία γινόταν ιδιαίτερη στρατολόγηση. Οι πολεμιστές που συμμετείχαν ήταν άτακτοι μισθοφόροι, συνήθως μουσουλμάνοι Αλβανοί, που στρατολογούνταν με κίνητρο τους μισθούς και τα λάφυρα, χωρίς να έχουν πραγματικό ενδιαφέρον για τον αντικειμενικό σκοπό των εκστρατειών: την καταστολή της επανάστασης. Τα οθωμανικά εκστρατευτικά σώματα είχαν σοβαρές αδυναμίες: έλλειψη τακτικών στρατιωτικών σωμάτων με στρατιωτική εκπαίδευση και πειθαρχία, λίγο και ακατάλληλο για τα ορεινά ελληνικά εδάφη πυροβολικό, ιππικό που πρακτικά αποδεικνυόταν άχρηστο στο ορεινό έδαφος και δρούσε ως πεζικό, έλλειψη οργανωμένης επιμελητείας. Συνήθως ο ανεφοδιασμός των εκστρατευόντων γινόταν από τη φορολόγηση των πληθυσμών των περιοχών από όπου περνούσαν και από τις λεηλασίες, μέθοδοι που πρακτικά ελάχιστα διέφεραν μεταξύ τους. Εξάλλου οι αβεβαιότητες και τα δεινά του πολέμου δεν επέτρεπαν την ομαλή άσκηση της γεωργικής δραστηριότητας (η συγκομιδή των σιτηρών έπρεπε να γίνει ακριβώς στην αιχμή των πολεμικών επιχειρήσεων) με αποτέλεσμα την επίταση των δυσκολιών ανεφοδιασμού των οθωμανικών στρατευμάτων.
Λόγω των συνήθως υπέρτερων οθωμανικών δυνάμεων οι Έλληνες απέφευγαν την κατά παράταξη μάχη σε ανοιχτό πεδίο. Προτιμούσαν να στήνουν ενέδρες ή να κάνουν αιφνιδιαστικές επιθέσεις σε θέσεις που τους παρείχαν όχι μόνο το πλεονέκτημα του αιφνιδιασμού αλλά και της τοπικής αριθμητικής υπεροχής: σε ορεινά στενά περάσματα όπου οι οθωμανοί πολεμιστές αναγκάζονταν να διαβαίνουν λίγοι-λίγοι. Τέτοια στενά στη Βοιωτία ή στις κοντινές περιοχές των γειτονικών νομών είναι η Πέτρα, το Ζεμενό, τα Βασιλικά, η Φοντάνα, το Ζέλι, η Γραβιά, η Άμπλιανη κλπ. Άλλοτε, οχυρώνονταν σε πύργους, μάντρες, σπίτια, σπήλαια, βράχους και άλλα φυσικά οχυρά σημεία του εδάφους, ή κατασκεύαζαν οι ίδιοι ταμπούρια, ώστε να φθείρουν τους Οθωμανούς που επιτίθονταν αναγκαστικά ακάλυπτοι. Ανάλογα με την εξέλιξη της μάχης, είτε διέφευγαν προς τα ορεινά όταν ο εχθρός έδειχνε να υπερέχει, είτε επιτίθονταν με τα σπαθιά στα χέρια, τα γνωστά γιουρούσια, για να τρέψουν τον εχθρό σε φυγή. Άλλοτε πάλι, οι επαναστάτες επιχειρούσαν αιφνιδιαστικές επιθέσεις, συχνά τη νύχτα, σε μικρά απομονωμένα αποσπάσματα του οθωμανικού στρατού ή στα μετόπισθεν με στόχο να επιφέρουν μικρά αλλά πολλά χτυπήματα φθοράς στο οθωμανικό εκστρατευτικό σώμα ή στο δίκτυο ανεφοδιασμού του, να μειώσουν το ηθικό και την πειθαρχία του.
Αυτού του τύπου οι μάχες σπάνια οδηγούσαν σε αποφασιστικό χτύπημα, τέτοοιο ώστε να κρίνει την τροπή του πολέμου, όπως συνέβαινε στους ευρωπαϊκούς πολέμους των τακτικών στρατών. Ήταν ένας πόλεμος φθοράς, αντοχής και υπομονής, με μικρές απώλειες σε ανθρώπινες ζωές που αποκτούσαν σημασία αθροιστικά, ένας πόλεμος όπου το ηθικό έπαιζε σημαντικό ρόλο. Έτσι κάθε καλοκαίρι οι οθωμανικοί στρατοί ανακαταλάμβαναν τις λιγότερο οχυρές πόλεις ή ξεκινούσαν να πολιορκούν τα ισχυρότερα κάστρα, τα οποία όμως χωρίς πυροβολικό αδυνατούσαν να καταλάβουν. Όταν πλησίαζε ο οθωμανικός στρατός οι χωρικοί κατέφευγαν στα ορεινά, στις λεγόμενες αποκλείστρες, και επέστρεφαν όταν πλέον ο στρατός είχε περάσει. Καθώς πλησίαζε ο χειμώνας τα οθωμανικά εκστρατευτικά σώματα έμεναν χωρίς τροφές και εφόδια, εκτεθειμένα στον κίνδυνο επιδημιών και απομονωμένα σε εχθρικό εδαφικό περιβάλλον. Οι πολεμιστές άρχιζαν να διαμαρτύρονται και να λιποτακτούν και οι πασάδες αναγκάζονταν να διατάξουν την αποχώρηση και επιστροφή στις εστίες τους. Έτσι από τα μέσα ή τέλη του φθινοπώρου το έδαφος επανερχόταν στον πλήρη έλεγχο των επαναστατών.
Οι σημαντικότερες οθωμανικές εκστρατείες στη Βοιωτία και ευρύτερα στην ανατολική Στερεά στα χρόνια 1822-1825 ήταν οι ακόλουθες:
Το 1822 ο Δράμαλης πέρασε ατουφέκιστος, πυρπόλησε τη Θήβα, αλλά ηττήθηκε στα Δερβενάκια της Πελοποννήσου. Την ίδια χρονιά ο Κιοσέ Μεχμέτ εκστράτευσε τον Αύγουστο στην ανατολική Στερεά και αφού αναχαιτίστηκε προσωρινά στη Γραβιά και στη Φοντάνα, πέρασε στη Βοιωτία, αλλά το Νοέμβριο αποχώρησε στη Λαμία.
Το 1823 εκστράτευσαν ο Γιουσούφ Περκόφτσαλης και ο Σαλήχ πασάς της Αδριανούπολης. Ξεκίνησαν τέλη Μαΐου 1823 από τη Θεσσαλία και ο πρώτος πήγε προς τα Σάλωνα ενώ ο δεύτερος, μέσω της Λοκρίδας, προς τη Θήβα. Ο Γιουσούφ λεηλάτησε τη μονή Ιερουσαλήμ της Δαύλειας, την Αράχοβα, τους Δελφούς, το Χρυσό, τη μονή Οσίου Λουκά και τελικά έφτασε και αυτός στη Θήβα. Τον Ιούλιο-Αύγουστο έκαναν ανεπιτυχείς επιχειρήσεις προς την Εύβοια και την Αττική. Μετά τις απώλειες που υπέστησαν σε διάφορες μικρές μάχες αλλά και από επιδημίες που έπληξαν τα στρατεύματα τους επέστρεψαν διαδοχικά μέχρι τις αρχές Σεπτέμβρη στη Λαμία.
Το 1824 την εκστρατεία ανέλαβε ο Δερβίς πασάς, αλλά καθώς ηττήθηκε σε διάφορες μάχες στη Φωκίδα με σπουδαιότερη τη μάχη της Άμπλιανης, επέστρεψε τον Οκτώβριο στη Λαμία, χωρίς να περάσει στη Βοιωτία.
Το 1825 εκστράτευσαν οι Αμπάζ πασάς και Μουστάμπεης ήδη από τις αρχές Απριλίου. Αναχαιτίστηκαν από τον Γκούρα στη Δαύλεια και την Κάτω Τιθορέα και προχώρησαν δυτικά στην Άμφισσα από όπου έκαναν επιδρομές στις γύρω περιοχές μέχρι τη δυτική Βοιωτία. Μετά από διάφορες μικρομάχες φθοράς στη Φωκίδα (μία μόνο έγινε ανατολικότερα στο Δίστομο), ο οθωμανικός στρατός αποχώρησε τον Οκτώβριο στη Λαμία.
Ο χειμώνας του 1825-1826 συνιστά τομή στις οθωμανικές στρατιωτικές πρακτικές. Την ηγεσία του οθωμανικού στρατού ανέλαβε τότε ο Κιουταχής, ένας ικανός πασάς, ο οποίος ενέταξε βαθμιαία στις στρατιωτικές δυνάμεις του ορισμένα ημιτακτικά σώματα, επέβαλε στοιχειώδη πειθαρχία στο στρατό, οργάνωσε καλύτερη επιμελητεία και για πρώτη φορά παρέμεινε το χειμώνα στα επαναστατημένα εδάφη για να διατηρήσει τα κεκτημένα, ενώ άφηνε φρουρές στις πόλεις που κατελάμβανε. Έτσι μετά την άλωση του Μεσολογγίου τον Απρίλη του 1826, υπέταξε την ανατολική Στερεά Ελλάδα μέχρι την Αττική όπου πολιόρκησε την Αθήνα. Οι περισσότεροι οπλαρχηγοί της Στερεάς προσκύνησαν τον πασά, ενώ οι υπόλοιποι αποσύρθηκαν στην Αττική και στη Πελοπόννησο.
Ωστόσο τον Οκτώβρη του 1826 ο Γεώργιος Καραϊσκάκης, νέος αρχιστράτηγος των ελληνικών στρατευμάτων της ανατολικής Στερεάς (ο Ανδρούτσος που κατείχε de facto ή de jure τη θέση αυτή είχε συλληφθεί και θανατωθεί κατά τη διάρκεια των εμφυλίων συγκρούσεων το 1825), οργάνωσε μια εκστρατεία στην ανατολική Στερεά, στα μετόπισθεν δηλαδή του Κιουταχή που πολιορκούσε την Αθήνα, με στόχο να διώξει τις οθωμανικές φρουρές και να ξεσηκώσει πάλι τις προσκυνημένες επαρχίες, αλλά και να ανακόψει τους δρόμους εφοδιασμού του Κιουταχή. Πράγματι το χειμώνα του 1826-1827 ο Καραϊσκάκης εκστράτευσε στην ανατολική Στερεά και μετά από μια αμφίρροπη μάχη στη Δομβραίνα, διαδοχικές νίκες σε Αράχοβα-Ζεμενό, Φοντάνα, Δίστομο, και την πολιορκία της Άμφισσας, ανάγκασε τις οθωμανικές δυνάμεις να αποσυρθούν από το μεγαλύτερο μέρος της Στερεάς Ελλάδας. Η Βοιωτία πέρασε έτσι πάλι στην ελληνική κυριαρχία, ενώ ο Καραϊσκάκης εγκατέστησε ελληνικές φρουρές σε επίκαιρα σημεία (Δίστομο, μονή Οσίου Λουκά, Μονή Δομβούς, Βελίτσα κλπ.). Ο θάνατος ωστόσο του Καραϊσκάκη στο Φάληρο και η παράδοση της Ακρόπολης την άνοιξη του 1827 οδήγησαν εκ νέου στην υποταγή της Στερεάς Ελλάδας.
Οι πολεμικές επιχειρήσεις στη Βοιωτία επαναλήφθηκαν ξανά τον Οκτώβριο του 1828, επί διακυβέρνησης Ιωάννη Καποδίστρια, όταν ο Δημήτριος Υψηλάντης, επικεφαλής των στρατιωτικών δυνάμεων της ανατολικής Στερεάς, εισέβαλε στη Βοιωτία. Διαδοχικά κατέλαβε τη Δομβραίνα, το Στεβενίκο (Αγία Τριάδα), την Αράχοβα, τη μονή Δομβούς, την Πέτρα και, μετά από σύντομη πολιορκία και συνθήκη, τη Λιβαδειά. Η Θήβα ωστόσο παρέμενε στην κατοχή του Ομέρ πασά της Καρύστου. Έτσι ο αγώνας επικεντρώθηκε στην πολιορκία της Θήβας. Το καλοκαίρι του 1829 νέο εκστρατευτικό σώμα υπό τον Ασλάν μπέη προέλασε στην ανατολική Στερεά και πέρασε μέσω Θερμοπυλών, Λιβαδειάς και Θήβας στην Αθήνα. Στην τελευταία μάχη του αγώνα, στο στενό της Πέτρας, ο Υψηλάντης απέκρουσε τον Ασλάν μπέη που επέστρεφε από την Αθήνα στις 11 Σεπτεμβρίου 1829. Μετά την ήττα τους, οι Οθωμανοί αναγκάστηκαν με συνθήκη να παραδώσουν όλα τα εδάφη της ανατολικής Στερεάς νοτίως της Λαμίας, διατηρώντας μόνο την Εύβοια και τη φρουρά στην Αθήνα.