Η Μυκαλησσός έμεινε στην ιστορία λόγω της φρικτής σφαγής των κατοίκων της από τον Αθηναίο στρατηγό Διιτρέφη και τους Θράκες μισθοφόρους του το έτος 413 π.Χ. Οι τελευταίοι είχαν πάει στην Αθήνα για να συμμετάσχουν στη Σικελική εκστρατεία, αλλά η εκπρόθεσμη άφιξή τους, σε συνδυασμό με την οικονομική δυσπραγία της πόλης, είχε αποτέλεσμα να αποσταλούν σε επιδρομές εναντίον της εχθρικής Βοιωτίας. Στο πλαίσιο της εξιστόρησης του Πελοποννησιακού πολέμου (431-404 π.Χ.), ο Θουκυδίδης (7.27-30) αναφέρει ότι οι επιτιθέμενοι πέρασαν το στενό του Ευρίπου από τη Χαλκίδα, στρατοπέδευσαν στο όρος Ερμαίον και, αφού εισήλθαν αιφνιδιαστικά στο χαμηλό, παραμελημένο και αφύλακτο τείχος της Μυκαλησσού, κατέστρεψαν και λεηλάτησαν σπίτια και ιερά και κατέσφαξαν αδιακρίτως τους κατοίκους, ανάμεσά τους και τα παιδιά ενός διδασκαλείου. Οι Θηβαίοι έστειλαν στρατιωτικό απόσπασμα εναντίον τους και στη μάχη σκοτώθηκαν 250 Θράκες και 20 Θηβαίοι πεζοί και ιππείς. Η Μυκαλησσός συνέχισε να κατοικείται ως πόλις στον 4ο αι. π.Χ. και στα Ελληνιστικά χρόνια. Μάλλον ήταν άσημη κώμη κατά τη Ρωμαϊκή εποχή.

3. Θρησκεία και νομίσματα

Κατά την περιήγησή του στην περιοχή ο Παυσανίας (9.19.5-6, 9.27.8) σημείωσε ιερό της Μυκαλησσίας Δήμητρας, χωρίς να παραθέτει άλλες πληροφορίες.

Η Μυκαλησσός έκοψε αργυρά νομίσματα με τον αιγινητικό σταθμητικό κανόνα από το 500 έως το 480 π.Χ. και από το 386 π.Χ. (ή νωρίτερα) έως το 374 π.Χ. (ή αργότερα). Οι πρώιμες κοπές είχαν τη βοιωτική ασπίδα στον εμπροσθότυπο και το γράμμα Μ (ή ΜΥ) σε έγκοιλο τετράγωνο ή φτερωτή στον οπισθότυπο, ενώ στις ύστερες εμφανίζεται και ο κεραυνός στον οπισθότυπο.

4. Τοπογραφία και μνημεία

Δεν έχουν εντοπιστεί ερείπια της πόλης, εκτός από υπολείμματα ενός περιβόλου με πολυγωνικούς λίθους. Έχουν επίσης βρεθεί αρχιτεκτονικά θραύσματα λιθοπλίνθων, αράβδωτου μονολιθικού κίονα και ιωνικής βάσης, προφανώς από σημαντικό κτήριο. Ιδιαίτερης σημασίας είναι η συστηματική ανασκαφή μέρους του νεκροταφείου των Αρχαϊκών και Κλασικών χρόνων της Μυκαλησσού, η οποία έγινε στα έτη 1907-1908 και 1921-1922 από τους Ronald M. Burrows, Percy N. Ure και Annie D. Ure. Οι τάφοι χρονολογούνται από τα Ύστερα Γεωμετρικά χρόνια μέχρι τον ύστερο 3ο αι. π.Χ., αλλά οι περισσότεροι χρονολογούνται από τα Αρχαϊκά χρόνια έως τον πρώιμο 5ο αι. π.Χ., με ιδιαίτερα πλούσιους αυτούς του β΄ μισού του 6ου αι. π.Χ. Ήταν κτερισμένοι με πληθώρα αγγείων και ειδωλίων, καθώς και με μετάλλινα και οστέινα μικροαντικείμενα, τα οποία συνόδευαν τους νεκρούς ως ταφικά δώρα.

Η συστηματική ανασκαφή της νεκρόπολης από τους Άγγλους αρχαιολόγους, σε μια εποχή μάλιστα εκτεταμένων λαθρανασκαφών στην Ταναγραϊκή, έθεσε τα θεμέλια της βοιωτικής αρχαιολογίας. Η μελέτη των ευρημάτων ως ενιαίων κλειστών συνόλων ανά ταφή πρόσφερε άφθονα στοιχεία για μια επιστημονική έρευνα η οποία εφεξής δε θα προσλάμβανε τα αρχαία τέχνεργα αποκλειστικά με αισθητικούς όρους, αλλά θα τα εξέταζε στο ευρύτερο ιστορικό και πολιτισμικό πλαίσιό τους, για να αντλήσει πληροφορίες σχετικά με τη χρονολόγηση, το εμπόριο, τα ταφικά έθιμα και τα στοιχεία πολιτισμού που χαρακτήριζαν την αρχαϊκή και κλασική Βοιωτία. Επιπλέον, αναδείκνυαν τις σχέσεις της Μυκαλησσού με τις υπόλοιπες βοιωτικές πόλεις και με γειτονικές περιοχές όπως η Αττική, η Κορινθία και η Εύβοια. Οι τύποι των τάφων της Μυκαλησσού ήταν λακκοειδείς, κιβωτιόσχημοι, κεραμοσκεπείς και πυρές. Από τα κτερίσματά τους διαπιστώνουμε ότι συχνότεροι τύποι αγγείων ήταν οι μελανόμορφοι σκύφοι και λήκυθοι, κυρίως αττικού αλλά και βοιωτικού εργαστηρίου, τα κορινθιακά αγγεία πόσης και καλλωπισμού και οι ντόπιοι μελαμβαφείς κάνθαροι. Από το ρεπερτόριο της κοροπλαστικής συνήθη ήταν τα ειδώλια ιππέων, καθώς και οι καθιστές και όρθιες ανδρικές και γυναικείες μορφές, ενώ ορισμένοι νεκροί έφεραν και μετάλλινα στολίδια. Κάποια αγγεία ήταν ενεπίγραφα με το όνομα του κατόχου ή του κατασκευαστή τους, ενώ βρέθηκαν και ελάχιστες ενεπίγραφες καλυπτήριες πλάκες. Η νεκρόπολη της Μυκαλησσού συνεχίζει να αποκαλύπτεται με σωστικές ανασκαφές μέχρι σήμερα.